GenoMorph, l’intelligence artificielle au service des essais génétiques sur le dodo

CCapucine

Mercredi, Colossal Biosciences a présenté GenoMorph, une plateforme d’intelligence artificielle conçue pour proposer des cibles de modification génétique chez des espèces qui disposent de peu de données génomiques, selon Unite.AI. Dans son programme consacré au dodo, l’outil aurait identifié environ 2 300 éléments régulateurs de l’ADN associés à la taille et à la forme du bec. Ce sont des pistes à tester, pas des modifications déjà réalisées. GenoMorph combine la morphologie en trois dimensions, la génomique comparative et la biologie du développement. L’enjeu est d’aider à choisir quelles régions de l’ADN examiner lorsque les données disponibles sont limitées. Pour une espèce disparue, cette étape compte : elle permettrait de mieux orienter les essais, sans démontrer qu’une cible donnée produira le trait physique recherché. La plateforme ne reconstitue donc pas directement le dodo. Ses propositions doivent encore être vérifiées en laboratoire. C’est la différence entre repérer une piste et établir qu’une modification génétique fonctionne.

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Pour concevoir GenoMorph, Colossal a utilisé des données de développement portant sur des poules, des cailles, des canards et des pigeons. L’entreprise les a associées à des informations génétiques et à des mesures en trois dimensions de crânes de plus de 70 espèces d’oiseaux. Brief IA explique que l’outil cherche notamment à repérer les régions de l’ADN actives pendant la formation du bec et des structures faciales. Environ 2 300 cibles liées à la morphologie crânio-faciale du dodo auraient été dégagées pour des essais en laboratoire. Selon Brief IA, Colossal présente ce travail comme une manière de concentrer les tests sur des différences jugées pertinentes. Mais la sélection n’a pas encore été validée expérimentalement. La capacité de ces cibles à produire les traits physiques visés reste à établir. Colossal indique aussi que sa colonie de pigeons de Nicobar compte 36 individus et que l’entreprise a créé des cellules précurseures des ovules et des spermatozoïdes. Ces travaux s’inscrivent dans la recherche sur des oiseaux modèles pour le dodo. Ils ne prouvent pas que les cibles proposées par GenoMorph produisent déjà les caractéristiques attendues.

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Colossal affirme avoir mis au point un système à base de nanoparticules lipidiques pour délivrer des outils d’édition génétique dans des embryons d’oiseaux. L’entreprise dit que cette méthode permet d’observer les effets de modifications avant la maturité sexuelle. Ce dispositif est présenté comme un moyen d’accélérer les essais, et non comme une validation des prédictions sur le dodo. Mercredi, Peter Diamandis a annoncé la création de NeoGenesis Capital, un fonds destiné à soutenir des entreprises qui utilisent la plateforme de biologie programmable de Colossal dans la santé, l’agriculture et la conservation. Ce financement concerne des usages plus larges des technologies de l’entreprise ; il ne confirme pas les résultats de GenoMorph. La prochaine étape est donc expérimentale. Les essais devront déterminer si les cibles sélectionnées produisent effectivement les traits physiques recherchés. Pour l’instant, environ 2 300 éléments d’ADN sont des pistes à examiner, pas autant de modifications confirmées. GenoMorph propose où chercher ; seules les expériences pourront établir si ces choix conduisent aux caractéristiques visées chez le dodo.